في البركة البيولوجية التي تعمل وفق مبادئ الطبيعة، تتم تنقية المياه دون استخدام أي مواد كيميائية. يمكن إنشاء أنظمة الأحواض البيولوجية ببديلين، باستخدام مواد طبيعية، مع أو بدون نباتات.

وفي المحاليل التي تستخدم فيها النباتات المائية، تأخذ النباتات النترات والفوسفات والعناصر الأخرى الضرورية لنموها من الماء وتحولها إلى معادن. إن دورة امتصاص المعادن بواسطة الكائنات الحية الدقيقة المفيدة في الماء إلى شكل يمكن للنباتات امتصاصه تتكرر باستمرار، وبالتالي الحفاظ على المياه نظيفة وواضحة.

ويعمل النظام، الذي لا يشمل النباتات المائية، على مبدأ الترشيح البيولوجي. المياه التي يتم تنقيتها بواسطة البكتيريا المفيدة التي تعيش في طبقة البيوفيلم التي تم إنشاؤها بواسطة المرشحات باستخدام مواد طبيعية تمامًا في مناطق التجديد تكون واضحة ونظيفة كما هو الحال في النظام الذي يحتوي على النباتات.

تتكون البرك البيولوجية من منطقتين حيث يتم تداول المياه داخل بعضها البعض أو في أقسام منفصلة. بالإضافة إلى القسم الرئيسي، يمكن جمع قسم التجديد المخصص لتنقية النباتات في منطقة واحدة أو وضعه في أماكن مختلفة.

في أنظمة البركة الواحدة، تقع النباتات في القسم الرئيسي، ولكن يتم الفصل بين المنطقتين بواسطة حاجز على طول عمق البركة. تقوم منطقة الفلتر بضخ الماء إلى القسم الآخر، والذي يعود بعد ذلك بتدفقه الطبيعي.

في الأنظمة البيولوجية التي تشمل النباتات، يتم تخصيص جزء أو كل قسم الترشيح للنباتات. تقوم النباتات المائية بإزالة الأوساخ والفوسفات والنترات من الماء عن طريق أخذ العناصر الغذائية اللازمة لنموها من الماء. يتم تداول المياه باستمرار من قسم إلى آخر في دائرة مغلقة من خلال أنظمة الضخ الموضوعة بالقرب من أنظمة البركة. يتم إرجاع المياه التي تمت تنقيتها في منطقة التصفية إلى القسم الرئيسي باستخدام طرق مختلفة. من أجل تحسين عملية الترشيح، يتم إنشاء التوازن البيولوجي الأمثل في البركة وزيادة صفاء المياه إلى الحد الأقصى، وذلك بفضل أنظمة التنقية البيولوجية، قبل أن يتم تسليم المياه إلى منطقة الترشيح.

إذا طلب ذلك، يمكن إحياء البرك مع نوافير مختلفة. تمامًا كما هو الحال في الطبيعة، يتم إنشاء حركة دائمة في الماء باستخدام تطبيقات مثل الشلالات الصغيرة والطبقات الرقيقة والبوابات الدوارة ولحامات الجدران.